In naher Zukunft ist unsere Welt nach einem Krieg mit außerirdischen Wesen nahezu komplett zerstört. Die Menschheit muss seitdem über den Wolken leben, wo sie sich vor den furchterregenden Aliens, die die letzten Trümmer der Erde belauern, in Sicherheit wähnt. Der Spezialtechniker Jack (Tom Cruise) ist als einer der wenigen Menschen auf der Erde stationiert. Doch seine Jahre andauernde Mission, lebenswichtige Ressourcen zu sammeln, um der Menschheit einen Neuanfang zu ermöglichen, neigt sich dem Ende zu. Er wird wieder in das Wolkenreich der Menschen zurückbeordert. Kurz vor Abflug entdeckt er auf einem Routine-Flug ein abgestürztes Raumschiff, neben dem er eine Überlebende findet. Als Jack Meldung macht, bekommt er den Befehl erteilt, sich nicht weiter um den Vorfall zu kümmern, doch Jack widersetzt sich dieser Anweisung und will die junge Frau retten. Das bringt den Stein ins Rollen und macht Jack zum Gejagten. All diese mysteriösen Ereignisse bringen ihn auf eine neue, ungeahnte Fährte, an deren Ende dunkle Geheimnisse aufgedeckt werden.