Nachdem die Helden von Steinstadt erfolgreich den skrupellosen Lord Business besiegt haben, ist eine mehrjährige Zeit des Friedens eingekehrt. Doch nun müssen sie sich erneut zusammentun, denn es droht Unheil in Form von Duplo-Invasoren aus dem Weltall. Widerstand hat jedoch keine Wirkung und so verwandeln die Duplos Steinstadt in einen postapokalyptischen Ort mit dem Namen Apocalypseburg. Während sich einige noch immer versuchen zu widersetzen und für einen neuen Gegenangriff zu formieren, hat Emmet bereits resigniert und führt einfach sein Leben weiter. Als jedoch eines Tages General Sweet Mayhem aus dem Systar-System zu den Duplos hinzustößt und mit ihnen das gesamte Legoverse einzunehmen beabsichtigt, kann auch Emmet nicht mehr wegsehen. Um die feindlichen Besatzer doch noch irgendwie loszuwerden, reisen Emmet und seine Freunde in unbekannte Welten. Dabei werden einige von ihnen entführt und nun liegt es wieder an Emmet und seinen besonderen Fähigkeiten als Master-Builder den vollständigen Untergang zu verhindern.