Im letzten Sommer des 20. Jahrhunderts wurde die Menschheit mit einer gänzlich neuen Bedrohung konfrontiert: Riesige Monster, „Kaiju“ genannt, tauchten plötzlich auf und begannen unter der Führung von Godzilla den Planeten in Schutt und Asche zu legen. Die Menschen versuchten vergeblich, gegen die neue Übermacht anzukämpfen, aber 2048 müssen sie sich ihre Niederlage eingestehen – die Erde wird nun von den Monstern beherrscht. Deswegen planen sie, ein neues Zuhause im Weltall zu suchen und eine Gruppe Auserwählter, zu denen auch Haruo Sakaki (Stimme im Original: Mamoru Miyano) gehört, macht sich auf zu dieser verantwortungsvollen Mission. Als sich der Zielplanet als Reinfall entpuppt, bleibt nur noch eine Möglichkeit: Godzilla mit allen Mitteln zu bekämpfen und so die Kontrolle über die Erde zurückzuerlangen. Für Haruo eine Herzensangelegenheit – schließlich wurden seine Eltern von der Riesenechse getötet und nun sinnt er auf Rache…