Seit der Entführung seiner Schwester, ist FBI Agent Fox Mulder (D. Duchovny) von der Existenz außerirdischen Lebens überzeugt, was ihm bei seinen Kollegen einen Ruf als Spinner, den Spitznamen „Spooky Mulder“ und eine Versetzung zu den sogenannten X-Akten eingebracht hat. Dort hat er alle Zeit der Welt, um ungelöste Fälle auf eine Beteiligung übersinnlicher Phänomne hin zu untersuchen. Und das gelingt ihm leider viel zu oft. Zu seiner Beobachtung wird ihm eines Tages die jungen Agentin Dana Scully (G. Anderson) zur Seite gestellt, die die gemeinsamen Fälle mit der nötigen Portion Skepsis angeht. Gemeinsam bringen sie einige seltsame Fälle von mutierten Menschen, außerirdische Artefakte und Entführungen durch Aliens und eine gigantische Verschwörung , die bis in die obersten Zentren der Macht reicht, ans Licht…

Episoden:
2.01 Kontakt / Little Green Men
2.02 Der Parasit / The Host
2.03 Blut / Blood
2.04 Schlaflos / Sleepless
2.05 Unter Kontrolle / Duane Barry
2.06 Seilbahn zu den Sternen / Ascension
2.07 Drei / 3
2.08 An der Grenze / One Breath
2.09 Der Vulkan / Firewalker
2.10 Rotes Museum / Red Museum
2.11 Excelsis Dei / Excelsis Dei
2.12 Böse geboren / Aubrey
2.13 Todestrieb / Irresistible
2.14 Satan / Die Hand Die Verletzt
2.15 Frische Knochen / Fresh Bones
2.16 Die Kolonie, Teil 1 / Colony
2.17 Die Kolonie, Teil 2 / End Game
2.18 Sophie / Fearful Symmetry
2.19 Totenstille / Dod Kalm
2.20 Der Zirkus / Humbug
2.21 Heilige Asche / The Calusari
2.22 Verseucht / F. Emasculata
2.23 Das Experiment / Soft Light
2.24 Unsere kleine Stadt / Our Town
2.A Das Geheimnis der Akte X / The Secrets of the X-Files
2.25 Anasazi / Anasazi