Schon als kleines Kind ließ sich Jacob (A. Butterfield) von den fantastischen Geschichten seines Großvaters Abraham (T. Stamp) über ein magisches Waisenhaus, übersinnliche Kinder und grauenvolle Monster begeistern. Bis er als Teenager, die Geschichten nur noch als Märchen eines vom dritten Reiches traumatisierten Mannes abtut. Doch dann stirbt sein Großvater auf höchst seltsame Weise und kurz darauf glaubt Jacob ein Monster, ähnlich dem aus den Geschichten gesehen zu haben. Ermutigt von seiner Therapeutin Dr. Golan (A. Janney) macht er sich auf die Suche nach dem Waisenhaus aus den Geschichten. Auf einer kleinen Insel wird er schließlich fündig und dort trifft er auch auf Emma (E. Purnell), die ihn per Zeitreise in die 1940´er Jahre katapultiert, wo er auf die Leiterin des Waisenhauses Miss Peregrine (E. Green), weiter Kinder mit erstaunlichen Fähigkeiten und die Monster, die für den Tod seiner Großvaters verantwortlich sind, trifft. Und wie sich bald herausstellt, ist nur Jacob imstande die Monster aufzuhalten und seine und Miss Peregrines Welt zu retten…