Die Wissenschaftler Elizabeth Shaw (N. Rapace) und Charlie Holloway (L. Marshall-Green) entdecken 2089 rund um den Globus verteilt verschiedene Höhlenmalereien, die allerdings den gleichen Ursprung zu haben scheinen. Sie können das Rätsel lösen und entdecken so das Sternbild eines fernen Planeten. Da sie die Malereien als Einladung einer höheren Rasse interpretieren, versuchen sie alles um Wirtschaftsmagnat Peter Weyland (G. Pearce) für eine Forschungsmission zu begeistern. Einige Jahre später wird ihr Traum wahr und Shaw und Holloway, sowie 15 weitere Crewmitglieder nähern sich mit der „Prometheus“ dem erdähnlichen Planeten. Während die Forscher nach der Landung langsam beginnen den Planeten nach dem Geheimnis der menschlichen Herkunft zu erforschen, verfolgen einige Teammitglieder ganz andere Ziele. Doch niemand ahnt, dass der Planet selbst noch eine weitaus größere Gefahr verbirgt, die nicht nur für die Crew, sondern für die gesamte Menschheit das Ende bedeuten könnte ...